李景隆主张让朱棣即登上位，朱棣自然不能让他人坐实自己反叛罪名，所以一开始并没答应。朱棣下令捉拿黄子澄和齐泰等奸臣，有举报缉拿者赏，有包庇者，与奸党同罪。马和按照朱棣的要求，秘密挑选十二位中官和一百一十三位锦衣卫，三日后即可上路。朱棣说，无论朱允炆是生是死，他都不想再看见他了。

这次朝廷败了，归顺官员有二十三人，弃官而逃者有四百多人，朱棣早就料到会是这样的结果，他让朱能三日后请夏原吉过来。朱棣给夏原吉看了前元疆域图，他有重新经营北线、改土归流的想法，夏原吉直言，朝廷打仗花费甚多，已经无力再兴战。朱棣了解他的为人，也知道他会跟自己翻账本，所以他早就想好，让夏原吉去江南治理水患，并且和他约法三章，在诸业兴旺、百姓安康之前，他绝对不兴大兵。

夏原吉十分佩服朱棣，决定为他效力。翌日，朱棣命人带方孝孺进宫为自己草拟登基的诏书，可方孝孺不识抬举，写下燕王篡逆四个后吐血，朱棣让人把他带下去。当看到旨上所写之字，他十分恼怒，下令明日对齐泰等人及其家眷，明正典刑。公元1402年，明洪武三十五年六月，燕军破南京城，建文帝朱允炆不知所踪，作为胜利者的朱棣，以穷治奸党为名迭兴大狱，齐泰、黄子澄、方孝孺、练子宁等建文朝大臣，为朱棣所杀，殉难者众，情形惨烈，当为壬午年，史称“壬午殉难”。

奸臣的家眷被充入教坊司，徐妙锦惊诧不已。朱棣抓了铁铉，但对他并无责怪，反倒是希望他能来帮自己。然而铁铉已非当初的铁铉，朱元璋赐字后，他就名为铁鼎石，行事作风和处事态度，已经和朱棣天差地别。铁铉效忠于兴宗皇帝（朱标），如果他要登基，那么绝不能再留兴宗皇帝的名号，而忠臣不能侍二主，铁铉不愿与朱棣同路了。朱棣本想留他一命，发配海南，可铁铉已经一心求死，朱棣如了他的意，下令将他斩杀。匆匆赶来的道衍，到底还是晚了一步。

朱棣准备惩治第二批逆臣，徐允恭的名字在列，朱棣没有打算要杀他，但决定将他幽禁府中，闭门思过。徐妙云已经失去了一个弟弟，朱棣还要这样对徐增寿，她崩溃大哭。朱棣将自己的年号定为永乐，次日准备即位，翰林编修杨子荣提醒他先去谒陵，朱棣这才记起来，让人转身去陵墓，拜完之后又去了东陵，抱着朱标的牌位大哭。七月，朱棣在南京继皇帝位，是为大明永乐皇帝，由此开启了煊赫一时的“永乐盛世”。

十二万军民，十月辛劳，在夏原吉的带领下终于治好水患。朱棣下旨疏水所经县，蠲免永乐二三年的赋税。朱棣即位两年多，虽有求治太速之嫌，但经营海外、创设内阁、昌明文教、削除诸藩，大明已经是蒸蒸日上之势。京中也已经在造宝船，后来夏原吉问起学生杨子荣此事，杨子荣表示朱棣想大有为。夏原吉转移了话题，谈到陛下让杨子荣改名的事。夏原吉回京，碰上朱棣要和内阁议事，没能见他。看到荣国公来了武英殿，夏原吉猜到他们要商讨漠北之事。